Indikaattoribakteerien resistenssi

Terveiden eläinten suoliston normaaliin mikrobiomiin kuuluvien, niin sanottujen indikaattoribakteerien resistenssin katsotaan kuvaavan mikrobilääkkeiden käytön aiheuttamaa valintapainetta. Indikaattoribakteerit voivat ylläpitää resistenssitekijöiden (geenien) varastoa, josta tekijät voivat sopivissa olosuhteissa siirtyä tauteja aiheuttaviin bakteereihin.

FINRES-Vet-ohjelmassa tutkitaan tuotantoeläinten suolistosta eristettyjen Escherichia coli - bakteerien (ja vuoteen 2013 asti myös Enterococcus faecalis - ja Enterococcus faecium -bakteerien) mikrobilääkeresistenssiä. Bakteerit eristetään teurastamoilta kerättävistä suolinäytteistä vuorovuosina broilereista, naudoista ja sioista. Vuoden 2014 alusta resistenssiseurantaa yhdenmukaistettiin EU:ssa, mikä mahdollistaa entistä paremmin vertailun eri maiden välillä. Näytteitä otetaan suhteessa eläinten teurastusmääriin; mukana olevissa teurastamoissa teurastetaan noin 90–100 % Suomessa teurastettavista eläimistä. Näytteitä kerätään eri tiloilta peräisin olevilta eläimiltä (naudat ja siat) tai eri kasvatuseristä (broilerit).