INNUENDO: A novel cross-sectorial platform for the integration of genomics in surveillance of foodborne pathogens

Tiivistelmä:

Elintarvikevälitteisten bakteerien kokogenomisekvensoinnista on tullut tärkeä strateginen tavoite kansanterveystyössä ympäri maailman, mutta tekniikan käyttöönottoa hidastaa yhteisten IT-järjestelmien puuttuminen ja osaamiskynnys uuden tekniikan käyttöönottoon. INNUENDO-hankkeessa kehitetään ohjelmistoalustaa ja kommunikointiprotokollaa kokogenomisekvensointiin pohjautuvan epidemianselvityksen tarpeisiin, erityisesti pienten maiden rajalliset resurssit huomioiden. Alustassa hyödynnetään alleelieroihin pohjautuvaa, yhteisen nomenklatuurin mahdollistamaa genomien vertailua (wgMLST), mitä varten geneettinen eroavaisuus kalibroidaan hankkeessa bakteerikohtaisesti (STEC, kampylobakteeri, yersinia ja salmonella). Genomivertailun lisäksi alustalla analysoidaan joustavasti esimerkiksi virulenssi- ja resistenssigeenejä. Lisäksi hankkeessa luodaan automaattinen työvuo sekvenssikoontien laadunvarmistukseen ennen analyysejä, ja alustan toimivuus validoidaan simuloimalla kansallista ja kansainvälistä epidemianselvitystä.

Tavoitteet:

Hankkeen tavoitteena on kehittää viranomaistahojen välille yhteinen alusta kokogenomisekvensointitulosten hyödyntämiseksi elintarvikevälitteisten epidemioiden selvityksessä ja taudinaiheuttajien valvonnassa.

Asiasanat:

kokogenomisekvensointi, WGS, elintarviketurvallisuus, STEC, kampylobakteeri, yersinia, salmonella

Hankkeen vastuullinen johtaja:

Mirko Rossi, apulaisprofessori, ELT, Helsingin yliopisto

Ruokaviraston hankevastaava:

Marjaana Hakkinen, jaostopäällikkö, FT, mikrobiologian yksikkö

Yhteistyötahot:

Helsingin yliopisto;
Lissabonin yliopisto;
Baskimaan yliopisto;
Wienin eläinlääketieteellinen yliopisto;
Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL);
Portugalin kansanterveyslaitos;
Eestin eläinlääketieteen ja ruokaturvallisuuden laboratorio;
Latvian elintarviketurvallisuuden, eläinten terveyden ja ympäristön instituutti;

Hankkeen vaihe:

Käynnissä

Aloitusvuosi:

2016

Lopetusvuosi:

2019

Hankkeen rahoitukseen osallistuu:

European Food Safety Authority (GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2)

Ruokavirasto projektikoodi:

4080Y-000042

Verkkosivu: http://www.innuendoweb.org/