Ruokavirastossa muuntogeenisten tuotteiden valvontaan kuuluvat muuntogeenisten siementen, rehujen, elintarvikkeiden, kasvien, leikkokukkien (neilikka) sekä gmo-kenttäkokeiden valvonta.
Ruokavirasto toimii myös kansallisena yhteysviranomaisena muuntogeenisten rehujen ja elintarvikkeiden sekä viljelyyn hyväksyttävien muuntogeenisten lajien EU-asetuksen (EY) N:o 1829/2003 mukaisessa hyväksymismenettelyssä.