Periaatteessa vain terveen eläimen saa rokottaa. Erityisesti nuoria eläimiä rokotettaessa on tärkeää, että eläimet on matolääkitty hyvissä ajoin (viimeistään 10 päivää) ennen rokottamista tai niiden loistilanne on tutkittu, koska sisäloisista kärsivän eläimen immuunijärjestelmä ei kykene reagoimaan rokotukseen parhaalla mahdollisella tavalla.
Selviä rokotusten vasta-aiheita eli kontraindikaatioita ovat kuumeinen infektio, voimakas yliherkkyys mitä tahansa rokotteen aineosaa kohtaan ja aiemmin todettu vaikea reaktio (rokotuskomplikaatio) saman rokotteen antamisen jälkeen. Rokoteallergiaa on epäiltävä, jos eläimelle kehittyy kahden vuorokauden kuluessa rokottamisesta muuallakin kuin rokotuskohdassa ilmenevä iho-oire tai hengitysvaikeus, jolle ei löydy muuta selitystä tai jos eläin on saanut rokotuksen jälkeen ilmeisen anafylaktisen reaktion.
Tiineys ja immuunipuutostila ovat suhteellisia vasta-aiheita. Tiineen tai immuunipuutostilaisen eläimen rokottamista eläviä rokotemikrobeja sisältävillä rokotteilla ei suositella. Joskus epidemiologinen tilanne voi olla sellainen, että rokottaminen elävällä rokotteella tiineyden aikana on perusteltua. Eläviä rokotemikrobeja sisältävät rokotteet voivat aiheuttaa immuunipuutostilassa olevan eläimen sairastumisen.