Ruokavirasto toimii muuntogeenisiä tuotteita koskevien hakemusten kansallisena yhteysviranomaisena. Ruokaviraston tehtävänä on Suomessa jätettyihin hakemuksiin liittyvien asiakirjojen, kuten lupahakemusten, lausuntopyyntöjen ja lausuntojen, välittäminen luvanhakijan, EFSAn ja toimivaltaisten viranomaisten välillä.
Ruokaviraston tehtävänä on myös huolehtia siitä, että EFSAn lausunnot hakemuksista ovat yleisön saatavilla. Yleisöllä on mahdollisuus kommentoida EFSAn lausuntoa omalla äidinkielellään 30 päivän ajan.