Käsittelemättömiä sivutuotteita voidaan varastoida ainoastaan hyväksytyissä väliasteen laitoksissa. Varastointi on vain väliaikaista ennen niiden kuljettamista lopulliseen määräpaikkaansa. Laitoksia voidaan käyttää myös tiettyihin alustaviin toimiin, kuten sivutuotteiden lajitteluun, paloitteluun, pakastamiseen, suolaukseen tai vuotien ja nahkojen poistamiseen. Laitokset hyväksyy ja niiden toimintaa valvoo sijaintikunnan kunnaneläinlääkäri.
Sivutuotteista johdettuja tekniseen käyttöön tarkoitettuja tuotteita voidaan varastoida toimivaltaisen viranomaisen hyväksymissä tai rekisteröimissä varastointilaitoksissa. Se, onko laitos hyväksyttävä vai rekisteröitävä riippuu varastoitavista tuotteista. Teknisten tuotteiden varastot, lannoite- ja maanparannusainevarastoja lukuunottamatta, hyväksyy tai rekisteröi kunnaneläinlääkäri. Varastointilaitoksessa sivutuotteita vain varastoidaan eikä niille voi varastoinnin lisäksi tehdä muita toimenpiteitä (vrt. väliasteenlaitos yllä).
Sivutuoteasetuksen mukaista hyväksyntää tai rekisteröintiä ei edellytetä sellaisilta rehuhygienia-asetuksen (EY) N:o 183/2005 mukaisesti rekisteröidyiltä tai hyväksytyiltä toimijoilta, jotka varastoivat johdettuja sivutuotteita käytettäväksi rehuna. Käsiteltyjä eläimistä saatavia sivutuotteita ovat esim. kalajauho, höyhenjauho, verijauho, käsitelty eläinvalkuainen, hapotettu teurassivutuote ja hapotettu kalasivutuote (kalapopsi). Sen sijaan esim. teurassivutuotetta, joka on pakastettu, mutta ei hapotettu, ei luokitella käsitellyksi sivutuotteeksi.