Tuotantoeläimille saa käyttää vain sellaisia lääkeaineita, joille on määritelty jäämien enimmäismäärä elintarvikkeissa eli ns. MRL-arvo.
Tuotantoeläinten lääkityksessä on aina huomioitava myös varoaika, jonka aikana eläintä ei saa toimittaa teurastettavaksi tai siitä saatavia tuotteita ei saa luovuttaa elintarvikkeena käytettäväksi.
Tiettyjen lääkeaineiden käyttö tuotantoeläimille on erityisesti kielletty. Tällaisia ovat muun muassa aineet, joiden jäämille ei ole voitu asettaa turvallista raja-arvoa sekä aineet, joita voidaan käyttää kasvunedistämistarkoituksessa. Joidenkin hyväksyttyjen lääkeaineiden käyttöä on rajoitettu vain tiettyihin käyttötarkoituksiin. Esimerkiksi progesteronia saa käyttää lehmän kierukassa vain lisääntymiseen liittyviin käsittelyihin.
Kiellettyjen lääkeaineiden käytöstä seuraa laittomasti lääkittyjen eläinten lopettaminen ja ruhojen hävittäminen sekä rikosoikeudellisia seuraamuksia.
Joidenkin mikrobilääkkeiden käyttöä eläimille on myös rajoitettu, sillä ne on haluttu säästää ihmisten vaikeiden infektioiden hoitoon.
Tuotantoeläimen omistajan tai haltijan velvollisuus on pitää kirjaa tuotantoeläimelle annetuista lääkkeistä.