Sertifioidun siemenperunan tarkastuksiin kuuluu tärkeänä osana laboratoriossa tehtävät kasvintuhoojatutkimukset. Ennen kuin siemenperunan voi istuttaa, on maanäytteestä tutkittava, ettei pellolla esiinny peruna-ankeroista. Mukulanäytteistä testataan syksyllä, ettei niissä esiinny vaarallisia kasvintuhoojia eli vaaleaa rengasmätää ja tummaa rengasmätää. Lisäksi korkeimmista siemenluokista määritetään, että perunan virusmäärät eivät ylitä lakisääteisiä laatuvaatimuksia.