Virallisten näytteiden otosta vastaavat Ruokaviraston valtuuttamat tarkastajat. Maa- ja metsätalousministeriön asetus edellyttää, että analyysin suorittamisessa käytetään kansainvälisten elinten hyväksymiä standardeja tai niitä vasten standardin ISO 16140 vaatimukset täyttäen validoituja muita menetelmiä.
Elintarvikkeisiin verrattuna rehujen salmonellan osoittaminen voi olla hankalampaa rehujen hapotuskäsittelyn, kuumennuksen ja muiden käsittelyjen vaikutuksesta. Pikamenetelmiä käytettäessä on huomioitava, että laboratorioilla on velvollisuus lähettää salmonellakanta kansalliseen vertailulaboratorioon. Menetelmään tulee sisällyttää kannan eristäminen.
Ruokavirasto on rehujen salmonellan ja eläinperäisten valkuaisten kansallinen vertailulaboratorio. Vertailulaboratoriotoiminta varmistaa osaltaan kansallisten laboratorioiden analyysimenetelmien korkean laadun ja tulosten luotettavuuden.