Rikkakasveja, kasvitauteja ja tuholaisia torjutaan luonnonmukaisessa tuotannossa ensisijaisesti laji- ja lajikevalinnalla, viljelykierrolla, viljelytekniikoilla ja tuhoojien luonnollisilla vihollisilla. Lisäksi rikkakasvien torjuntaan voidaan käyttää esimerkiksi harausta, kitkemistä ja liekitystä.
Edellä mainittujen keinojen lisäksi voidaan käyttää toimeenpanoasetuksen liitteessä II lueteltuja aineita, jos tuhoojakohtaiset torjuntakynnykset ylittyvät. Käytettävien tuotteiden on täytettävä kasvinsuojeluaineita koskevan lainsäädännön vaatimukset ja niitä saa käyttää vain siihen käyttötarkoitukseen, johon ne on hyväksytty.
Luonnonmukaiseen tuotantoon soveltuvat kasvinsuojeluaineet -luetteloon on koottu Suomessa markkinoilla olevia luomuun soveltuvia tuotteita.