Jos epäillään, että eläinkuljetuslainsäädäntöä on rikottu, on valvontaviranomaisilla oikeus tarkastaa eläinkuljetus. Valvontaviranomaisia ovat aluehallintovirasto alueellaan, kunnaneläinlääkäri ja poliisi toimialueillaan, tarkastuseläinlääkäri teurastamon tai teurastuspaikan alueella ja rajaeläinlääkäri rajanylityspaikan, maastapoistumispaikan ja eläinlääkinnällisen rajatarkastusaseman alueella.
Eläinten kuljetuksia maanteillä valvoo enimmäkseen poliisi normaalin liikenteen valvonnan yhteydessä. Poliisi voi käyttää tarvittaessa apunaan virkaeläinlääkäriä. Poliisilla on oikeus eläinkuljetuksen tarkastamiseen myös ilman epäilyä lainsäädännön rikkomisesta. Sama oikeus eläinkuljetusten tarkastamiseen ilman epäilyä on tarkastuseläinlääkärillä ja rajaeläinlääkärillä omilla toimialueillaan.
Lisäksi Ruokavirasto tai aluehallintovirasto voivat määrätä virkaeläinlääkärit tarkastamaan eläinkuljetuksia. Tällaisia tarkastuksia tekevät maanteillä tai eläinten lastaus- ja purkupaikoilla läänineläinlääkärit yhdessä poliisin kanssa ja teurastamoissa tarkastuseläinlääkärit.
Eläinkuljetustarkastusten yhteydessä voidaan tarkastaa myös lainsäädännön edellyttämät asiakirjat.