Maa- ja metsätalousministeriö ohjaa ylimpänä viranomaisena eläinten hyvinvointilainsäädännön täytäntöönpanoa ja noudattamista. Ministeriö valmistelee lainsäädäntöä ja tulosohjaa Ruokaviraston toimintaa eläinten hyvinvoinnin osalta.
Ruokavirasto suunnittelee, ohjaa ja kehittää valtakunnallisesti eläinten hyvinvoinnin valvontaa. Ruokaviraston tehtävä keskushallinnon viranomaisena on hyvinvointilainsäädännön toimeenpanotehtävien johtaminen, kehittäminen ja ohjaaminen. Lisäksi Ruokavirasto suunnittelee, kehittää ja ohjaa eläinten hyvinvoinnin valvonnan järjestämistä sekä valvoo eläinten hyvinvointisäädösten noudattamista toimialueellaan. Ruokavirastossa eläinten hyvinvointi- ja eläinkuljetuslainsäädännön valvontaa hoitavat valtioneläinlääkärit. Ruokavirasto myös valvoo eläintenhyvinvointisäädösten noudattamista tietyissä laitoksissa ja paikoissa, joiden valvonta on erikseen säädetty Ruokavirastolle. Näitä tehtäviä hoitavat Ruokavirastossa tarkastuseläinlääkäri ja rajaeläinlääkäri.
Kunnaneläinlääkäri (ml. valvontaeläinlääkäri) ja kunnan terveydensuojeluvalvontaa hoitava viranhaltija (terveystarkastaja) valvovat eläinten hyvinvointisäädösten noudattamista kunnan alueella.
Poliisi valvoo eläinten hyvinvointisäädösten noudattamista toimialueellaan.
Tulli valvoo Ruokaviraston ja valtioneläinlääkärin ohella eläinten hyvinvointisäädösten noudattamista, kun eläimiä kuljetetaan Euroopan unionin jäsenvaltioiden välillä tai Suomesta muuhun kuin jäsenvaltioon.