Maa- ja metsätalousministeriö ohjaa ja valvoo ylimpänä viranomaisena eläinsuojelulain, eläinkuljetuslain ja eläinkuljetusasetuksen sekä niiden nojalla annettujen säännösten täytäntöönpanoa ja noudattamista. Ministeriö valmistelee lainsäädäntöä ja tulosohjaa Ruokaviraston toimintaa eläinten suojelun osalta.
Ruokavirasto ohjaa ja valvoo keskushallinnon viranomaisena eläinsuojelulain, eläinkuljetuslain ja eläinkuljetusasetuksen sekä niiden nojalla annettujen säännösten täytäntöönpanoa ja noudattamista. Ruokavirastolla ei ole eläinsuojelu- tai eläinkuljetuslaissa annettua oikeutta tehdä tarkastuksia tiloilla tai kuljetuksissa vaan tämä toimivalta on annettu laissa muille viranomaisille. Ruokaviraston tehtävänä on eläinsuojelu- ja eläinkuljetuslainsäädännön valvonnassa toimeenpanotehtävien johtaminen, kehittäminen ja ohjaaminen.
Aluehallintovirasto huolehtii eläinsuojelulain, eläinkuljetuslain ja eläinkuljetusasetuksen sekä niiden nojalla annettujen säännösten täytäntöönpanosta ja noudattamisen valvonnasta toimialueillaan. Aluehallintovirastoissa eläinsuojelu- ja eläinkuljetuslainsäädännön valvontaa hoitavat läänineläinlääkärit.
Kunnaneläinlääkäri ja poliisi valvovat eläinsuojelulain, eläinkuljetuslain ja eläinkuljetusasetuksen sekä niiden nojalla annettujen säännösten ja määräysten noudattamista kunnan alueella. Eläinsuojelulain ja sen nojalla annettujen säännösten ja määräysten noudattamista kunnan alueella valvoo lisäksi kunnan terveydensuojeluvalvontaa hoitava viranhaltija (terveystarkastaja).
Valvontaviranomaisia ovat lisäksi tarkastuseläinlääkäri teurastamon tai teurastuspaikan alueella ja rajaeläinlääkäri rajanylityspaikan, maastapoistumispaikan ja eläinlääkinnällisen rajatarkastusaseman alueella.
Lisäksi aluehallintovirasto voi määräämillään ja lainsäädännön asettamilla ehdoilla myöntää oikeuden eläinsuojeluvalvojalle tehdä eläinsuojelutarkastuksia muissa kuin kotirauhan piirissä olevissa eläinten pitopaikoissa. Kotirauhan piiriin kohdistuvassa tarkastuksessa eläinsuojeluvalvoja voi kuitenkin tarkastusoikeutensa rajoissa tarvittaessa avustaa viranomaista. Eläinsuojeluvalvoja voi tarkastuksen yhteydessä antaa eläimen omistajalle tai haltijalle neuvoja ja ohjeita, sen sijaan kieltoja ja määräyksiä voivat antaa vain viranomaiset.