Tilanteissa, joissa on aihetta epäillä, että eläintä pidetään tai kohdellaan eläinten hyvinvointisäädösten vastaisesti, on valvontaviranomaisella oikeus tehdä kohteeseen ns. epäilyyn perustuva eläinsuojelutarkastus. Epäilyilmoituksia voi tulla viranomaisille eri kautta. Useimmat ilmoitukset tulevat suoraan kansalaisilta, mutta myös esimerkiksi julkisuuden kautta esille tuodut laiminlyöntiepäilyt välitetään paikallisille valvontaviranomaisille asian tarkastamista varten.
Epäilyyn perustuvan eläinsuojelutarkastuksen tekee useimmiten kunnan virkaeläinlääkäri. Marraskuussa 2009 voimaan astuneen eläinlääkintähuoltolain myötä kuntiin ja kuntayhtymiin on palkattu valtion varoin pelkästään valvontatehtäviin keskittyviä valtioneläinlääkäreitä, mikä on mahdollistanut eläinten hyvinvointivalvonnan erottamisen eläinlääkäreiden muista tehtävistä.
Epäilyyn perustuvia eläinsuojelutarkastuksia tekevät myös terveystarkastajat sekä poliisi. Lisäksi valtioneläinlääkärit vastaavat paikallisen valvontaviranomaisen pyynnöstä vaikeimpien eläinsuojelutehtävien hoidosta.
Mikäli tarkastuksissa havaitaan eläinten hyvinvointisäädösten vastaista menettelyä, viranomaiset ryhtyvät hyvinvointilain mukaisiin toimenpiteisiin.
Jos epäilet eläintä hoidettavan tai kohdeltavan eläinten hyvinvointisäädösten vastaisesti, ota yhteyttä paikalliseen valvontaviranomaiseen (Kunnan- ja läänineläinlääkäreiden yhteystiedot).