Euroopan unioni velvoittaa jäsenvaltionsa järjestämään maansa tuotantoeläintiloille vuosittain edustavan määrän otantaan perustuvia eläinten hyvinvoinnin tarkastuksia. Näitä otantaan perustuvia tarkastuksia on kutsuttu yleisesti myös EU-eläinsuojelutarkastuksiksi. Vastaavia tarkastuksia tehdään kaikissa Euroopan unionin jäsenvaltioissa.
Tarkastusten kohteeksi valitaan vuosittain tietty osuus tuotantoeläintiloista. Noin neljännes tiloista valitaan tarkastuksen kohteeksi satunnaisotannalla ja loput tiettyihin eläinlajikohtaisesti määriteltyihin riskitekijöihin perustuen. Aiempien vuosien otantaan perustuvissa tai muissa eläinsuojelutarkastuksissa havaitut laiminlyönnit lisäävät todennäköisyyttä päätyä tarkastuksen kohteeksi myös tulevina vuosina.
Vuoteen 2009 asti tarkastuksia tekivät kunnaneläinlääkärit lääninhallitusten määräyksestä. Vuodesta 2010 lähtien otantaan perustuvista eläinsuojelutarkastuksista ovat vastanneet aluehallintovirastojen läänineläinlääkärit. Ruokavirasto seuraa valvontojen toteutumista ja kokoaa vuosittain yhteenvedon koko maan eläinsuojelutarkastusten tuloksista. Valvontojen tuloksista raportoidaan myös Euroopan komissiolle.
Tarkastukset tehdään pääsääntöisesti yhteisölainsäädännön edellyttämällä tavalla ilman ennakkoilmoitusta. Tarkastusten yhteydessä valvotaan yksityiskohtaisesti, onko tilalla noudatettu voimassa olevaa eläinten hyvinvointilainsäädäntöä. Mikäli tarkastuksissa havaitaan laiminlyöntejä, ryhdytään eläinten hyvinvointilain mukaisiin toimenpiteisiin.
Laiminlyönnit voivat liittyä esimerkiksi puutteelliseen kirjanpitoon, vähäiseen virikemateriaaliin, pitopaikan rakenteellisiin puutteisiin tai tilaan nähden liian suuriin eläinmääriin. Laiminlyöntitapauksissa eläinten pitäjä määrätään korjaamaan eläinten olosuhteet annetussa määräajassa. Kiireellisissä tapauksissa viranomaiset voivat myös järjestää eläimille ulkopuolista hoitoa paikan päälle tai muualle.
Otantaan perustuvat eläinsuojelutarkastukset aloitettiin vuonna 1998 vasikka- ja sikatilojen valvonnoilla. Vuodesta 2000 lähtien on vuosittain valvottu myös turkistarhoja ja yli 350 kanan munintakanaloita. Vuosina 2008–2009 valvonnat laajennettiin koskemaan myös ankka- ja hanhitiloja sekä lammas- ja vuohitiloja. Vuodesta 2010 on valvottu vasikoiden lisäksi myös aikuiset naudat, ja vuonna 2012 mukaan tulivat broilerit. Tulevina vuosina tarkastuksia pyritään laajentamaan kattamaan kaikki tuotantoeläimet.
Eläinkuljetuksille asetettujen eläinsuojeluvaatimusten noudattamista valvotaan eläinkuljetusten EU-eläinsuojelutarkastuksissa.