Koirien merkittävimpiä tutkimussyitä ovat muun muassa perinnöllisten tautien tunnistaminen, vastasyntyneiden pentujen kuolleisuuden syiden selvittäminen, uudet tarttuvat taudit ja eläinsuojeluun liittyvät ongelmat. Oikeuspatologiset ruumiinavaukset muodostavat merkittävän osan tutkimuksia ja näistä osa liittyy eläinsuojelurikosepäilyihin. Tartuntataudit ovat merkittäviä erityisesti pikkupennuilla. Penikkatautia ja tarttuvaa maksatulehdusta ei nykyään juuri esiinny säännöllisten rokotusten ansioista. Koirien lisääntynyt liikkuminen maasta toiseen lisää uusien tarttuvien tautien leviämisen mahdollisuutta.
Tällä hetkellä koirilla yleisesti esiintyvät tarttuvat taudit ovat joko hengitystieinfektioita aiheuttavien mikrobien tai mahasuolikanavan tulehduksia aiheuttavien virusten aiheuttamia. Näitä infektioita vastaan ei ole tehokasta rokotetta, poikkeuksena parvovirusripuli. Parvovirusripulia todetaan jatkuvasti nuorilla pennuilla, joilla on riittämätön rokotesuoja. Virusta esiintyy jatkuvasti ympäristössä. Infektio joko vahvistaa rokotuksen antamaa suojaa tai aiheuttaa taudin siinä vaiheessa, kun emältä saadut vasta-aineet häviävät, eikä rokotteen antama suoja ole vielä riittävä.
Koronaviruksen aiheuttamaa oksennus-ripulitautia esiintyy nykyään vuosittain, samoin niin kutsuttua kennelyskää aiheuttavia virus- ja bakteeri-infektioita sekä bakteerien aiheuttamia keuhkotulehduksia. Koiran herpesvirustartunta on kohtalaisen harvinainen vastasyntyneiden pentujen kuolleisuuden aiheuttaja. Ongelmia syntyy lähinnä silloin, kun narttu saa infektion ensimmäisen kerran ollessaan kantava ja tartuttaa pennut niiden kulkiessa läpi synnytyskanavan.
Toxoplasma gondii -alkueläimen aiheuttamaa kuolemaan johtavaa tartuntaa todetaan vuosittain. Neospora caninum -alkueläimen aiheuttamat infektiot sen sijaan ovat harvinaisia. Giardia sp. tai Cryptosporidium sp. -alkueläinten aiheuttamia suolistoinfektioita todetaan jatkuvasti. Koirat saavat tartunnan helposti liikkuessaan vapaana luonnossa tai jos ne elävät tarhaolosuhteissa. Tartunta on yleensä oireeton, mutta pikkupennuilla tai koirilla, joilla on puolustusjärjestelmän häiriö, voi esiintyä pitkäaikaistakin ripulia.