Ruokaviraston mikrobiologian yksikkö tekee elintarvikkeiden turvallisuuteen liittyviä mikrobiologisia tutkimuksia ja vastaa oman alueensa vertailulaboratoriotehtävistä. Painopistealueena ovat elintarvikkeiden välityksellä ihmiselle tautia aiheuttavat virukset ja bakteerit eli zoonoosi- ja ruokamyrkytysbakteerit.
Elintarvikemikrobiologisia tutkimuksia tehdään tutkimustyönä ja seurantatutkimusprojekteina yhteistyössä elintarvikevalvonnan, virallisten elintarviketutkimuslaboratorioiden ja Ruokaviraston riskinarvioinnin yksikön kanssa. Lisäksi osallistutaan vertailulaboratoriotoiminnan edellyttämiin sekä pohjoismaiseen ja kansainväliseen menetelmäkehittämisyhteistyöhön liittyviin tutkimuksiin.
Tutkimukset keskittyvät erityisesti analytiikkaan, jota ei ole saatavissa paikallisissa elintarvikelaboratorioissa, kuten virusten osoitus elintarvikkeista, bakteeri- ja viruskantojen tyypitys sekä bakteerikantojen ja elintarvikenäytteiden enterotoksiinitutkimukset. Jatkotutkimuksia tehdään ruokamyrkytysepidemioiden lähteiden ja elintarviketuotantolinjojen prosessikontaminaatioiden selvittämiseksi.
Mikrobiologian yksikkö tutkii ja kehittää menetelmiä. Yksikkö osallistuu kansainväliseen (ISO/CEN, International Dairy Federation IDF) ja pohjoismaiseen (Nordisk Metodikkomité for Næringsmidler NMKL) elintarvikemikrobiologisten menetelmien kehittämistyöhön ja laboratorioiden laadunvarmistukseen liittyvien ohjeistusten laadintaan.