Vid mikrobiologisk riskvärdering försöker man utreda sannolikheten för och allvarligheten i att biologiska faktorer såsom bakterier, virus eller protozoer som sprids via livsmedel orsakar men för hälsan. Samtidigt värderas ofta också betydelsen av riskfaktorer och smittvägar som inverkar på deras spridning och förekomst samt inverkan av olika riskhanteringsmetoder på risken. Riskvärdering behandlar uppkomsten av risker som omfattar hela livsmedelskedjan ända från produktion av råvaror till konsumenternas exponering för den. Ofta är värderingen ändå bara inriktad på en viss del av kedjan, en som exempelvis är viktig för beslutsfattandet.
Mikrobiologiska riskvärderingar görs ofta genom att värdera storleken på en risk som orsakas av en viss biologisk fara i ett visst livsmedel eller livsmedelsgrupp. Värderingarna kan också göras som större helheter, så att man bedömer storleken på en risk som orsakas av en viss biologisk fara som konsumenten exponeras för från olika källor. Utgångspunkten för en riskvärdering kan också vara flera biologiska faror i ett visst livsmedel eller livsmedelsgrupp som eventuellt utsätter konsumenten för en risk.
Med hjälp av informationen som erhålls genom riskvärderingar kan man skapa, studera och utveckla uppföljnings- och kontrollsystem och tillvägagångssätt för att reducera risken. Utgående från resultaten av riskvärderingar som baserar sig på omfattande undersökningar kan man påvisa och sätta i viktighetsordning bland annat de nivåer och ställen i produktionskedjan där det är mest troligt att risker ska uppstå och där riskhantering effektivast minskar på risken för konsumenten. Dessutom kan man med hjälp av riskvärderingar som utförts enligt samma principer göra jämförelser och utvärdera olika risker och orsakerna till riskerna sinsemellan. Utgående från resultaten kan också betydelsen av olika livsmedel för den totala risken värderas.
För att kunna utveckla en riskbaserad, övergripande kontroll och egenkontroll behövs riskvärderingar, med hjälp av vilka mätbara delmål kan ställas upp, till exempel gränsvärden, för att uppnå gemensamt godkända målsättningar för livsmedelssäkerhet. Regionala skillnader, skillnader avseende produktion, miljö samt demografiska skillnader som inverkar på hur risken utvecklas kan vara mycket stora även inom Europas gränser, och därför kommer nationella riskvärderingar att ha stor betydelsen även i framtiden. Riskvärderingsmetoder och matematiska modeller har utvecklats och utvecklas också genom internationellt samarbete och de publiceras i vetenskapliga publikationer med sakkunnigbedömning (peer review). Färdiga metoder och modeller kan användas vid nya riskvärderingar ifall liknande strukturer och uppgifter ingår i dem. Man strävar efter att på så sätt kunna utveckla riskvärderingsmetoder i förväg, som är tillräckligt allmängiltiga för att kunna tillämpas för framtida behov.