Vid riskvärdering av smittsamma djursjukdomar kan man bedöma risken för att en faktor som orsakar en djursjukdom kommer in i landet och sprids inom landet. Vid bedömningen efterföljs till tillämpliga delar de anvisningar för riskbedömning som Världsorganisationen för djurhälsa (OIE) har gett ut (OIE Terrestrial Animal Health Code, OIE Aquatic Animal Health Code).
Vid riskvärdering av smittsamma djursjukdomar bedöms farans natur: sjukdomsalstrarens egenskaper, sjukdomens spridningssätt, smittvägar och riskbenägna djur samt produktionsformer. Vid riskvärderingen bedöms sannolikheten för att sjukdomen ska komma in i landet och/eller spridas inom landet och dess inriktning (till exempel regionalt eller inom olika produktionsformer). Vid bedömning av spridningen i landet utreds därtill antalet sjukdomsutbrott och ofta även direkta och indirekta ekonomiska effekter av epidemin. Då kan bedömningen göras i samarbete med MTT ekonomisk forskning. Vid riskvärdering kan man också bedöma metodernas effekt och kostnadseffektivitet då det gäller att förebygga att risken materialiseras, eller om den gör det, värdera de metoder som står till buds för att dämpa dess effekter. Sådana metoder är bland annat sjukdomsskydd, logistiska arrangemang, vaccinationer och andra medel som dämpar spridningen av sjukdomen och som möjliggörs av lagstiftningen i EU.
Riskvärdering av smittsamma djursjukdomar görs främst avseende sjukdomar hos produktionsdjur (svin, nöt, fjäderfä, får, getter, fiskodlingar), men även riskvärderingar avseende vilt och fiske är möjliga.