Resistens hos så kallade indikatorbakterier som finns i tarmkanalen hos friska djur och som hör till den normala mikrobiotan, anses beskriva urvalstrycket som orsakas av användningen av antibiotika. Indikatorbakterier kan upprätthålla ett lager av resistensfaktorer (gener) och faktorerna kan överföras till sjukdomsframkallande bakterier under lämpliga förhållanden.
I programmet FINRES-Vet analyseras antibiotikaresistens hos Escherichia coli som isolerats från tarmkanalen hos livsmedelsproducerande djur (och fram till år 2013 även bakterierna Enterococcus faecalis och Enterococcus faecium). Bakterierna isoleras från tarmprover som samlats på slakterier från broilrar, nötkreatur och svin, turvis ett år åt gången. I början av 2014 samordnades resistensuppföljningen inom EU, vilket förbättrar jämförelsen mellan olika länder. Antalet prover tas i förhållande till antalet slaktade djur; i de slakterier som deltar i provtagningen slaktas 90–100 % av alla djur som slaktas i Finland. Proverna tas från djur som kommer från olika gårdar (nötkreatur och svin) eller skilda uppfödningsomgångar (broilrar).