Escherichia coli

E. coli on tavallinen tasalämpöisten eläinten paksu- ja umpisuolessa esiintyvä bakteeri. Sen määrä on tyypillisesti 10–100 miljoonaa solua grammassa suolen sisältöä. E. coli-bakteerin eristys ja alustava tunnistus on yksinkertaista ja se soveltuu muun muassa näistä syistä hyvin mikrobilääkeresistenssin indikaattoribakteeriksi. Lämpökestoisia kolimuotoisia bakteereita käytetään ilmaisemaan ulosteperäistä saastutusta esimerkiksi talousvedessä. E. coli edustaa indikaattorina gramnegatiivisia bakteereita.

Resistenssi eläinten E. coli -indikaattoribakteereilla

Resistenssin esiintymistä on seurattu säännöllisesti vuodesta 2002 alkaen sioista, naudoista ja broilereista eristetyistä E. coli -bakteereista. Näytteet otetaan teurastuksen yhteydessä terveistä eläimistä. Indikaattoribakteereita kerätään vuorovuosin eri eläinlajeista.

Broilerit

Broilereista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä todetaan suhteellisen vähän. Viime vuosikymmenen aikana resistenssiä on todettu joillekin mikrobilääkkeille korkeimmillaan noin 10 %, paitsi vuonna 2018 ampisilliiniresistenssi oli noin 13 %. Ampisilliiniresistenssin lisäksi eniten resistenssiä on todettu streptomysiinille, sulfametoksatsolille, tetrasykliinille ja trimetopriimille. Streptomysiiniresistenssin seuraaminen lopetettiin koko EU-alueella streptomysiinin poistuessa Euroopassa yhteisesti käytössä olevasta seurantatutkimuksiin käytettävästä paneelista. Siprofloksasiiniresistenssiä todetaan yleensä vähän, korkeimmillaan se oli vuonna 2018 ollen noin 6 %. Tuotantopolven broilereita ei Suomessa ole vuoden 2009 jälkeen lääkitty, mikä osaltaan heijastunee hyvää resistenssitilanteeseen.

Kuva. Resistenssin esiintyminen broilereista eristetyillä E. coli -indikaattoribakteereilla vuodesta 2002

Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne mikrobilääkkeet, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.

MIC-jakauma: Broilereilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2016

Siat

Sioista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä on todettu eniten ampisilliinille, streptomysiinille, sulfametoksatsolille tetrasykliinille ja trimetopriimille. Havaittu resistenssi heijastelee osittain niitä mikrobilääkeryhmiä, joita sikojen lääkinnässä tiedetään käytettävän. Tetrasykliiniresistenssiä on todettu viimeisen vuosikymmenen aikana noin neljäsosalla tutkituista kannoista; ampisilliini-, streptymsiini-, sulfametoksatsoli- ja trimetopriimiresistenssiä hieman vähemmän. Streptomysiiniresistenssin seuraaminen E. coli -indikaattoribakteereilla lopetettiin vuonna 2014 koko Euroopassa. Siprofloksasiiniresistenssiä on todettu vain vähän (0-2 %).

Kuva. Resistenssin esiintyminen sioista eristetyillä E. coli -indikaattoribakteereilla vuodesta 2004

Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne mikrobilääkkeet, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.

MIC-jakauma: Sioilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2017

Naudat 

Naudoista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä on todettu vain vähän. Eniten resistenssiä on todettu streptomysiinille (vuonna 2012 noin 5 %), mutta sen seuraaminen lopetettiin vuonna 2014. Kaikille muille tutkituille antibiooteille herkkyys on ollut Suomessa vieläkin vähäisempää.

Kuva. Resistenssin esiintyminen naudoista eristetyillä E. coli -indikaattoribakteereilla vuodesta 2003

Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne mikrobilääkkeet, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.

MIC-jakauma: Naudoilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2016 

Indikaattoribakteerien resistenssin merkitys Suomessa

Resistenssin esiintyminen E. coli -indikaattoribakteereilla on Suomessa pysynyt resistenssiseurannan aloittamisesta alkaen varsin maltillisella tasolla. Resistenssiä todetaan Suomessa yleisesti ottaen selvästi vähemmän kuin EU-maissa keskimäärin. Resistenssiä on todettu eniten sioista ja vähiten naudoista eristetyistä indikaattoribakteereista.