Kuntien elintarvikevalvontaviranomaiset valvovat Ruokaviraston ohjeiden mukaan omavalvonnan toteutumista OIVA-järjestelmän mukaisesti.
Lisäksi kotimaisten muuntogeenisten elintarvikkeiden viranomaisvalvonnassa otetaan elintarvikenäytteitä Ruokaviraston valvonta- ja näytteenotto-ohjeiden mukaan. Näytteenottoa tehtiin vuoteen 2024 saakka vuosittain, ja vuodesta 2025 lähtien hieman harvemmin. Näytteenotto kohdistetaan ensisijaisesti valmistuksen valvontaan, mutta myös markkinavalvontanäytteitä voidaan ottaa.
Näytteenotto kohdistetaan riskiperusteisesti raaka-aineisiin tai valmiisiin elintarvikkeisiin, jotka mahdollisesti sisältävät gm-aineksia (esimerkiksi soija, maissi, rapsi, aasialainen riisi, papaija). Myös luomutuotteet ja tuotteet, joiden väitetään olevan "GMO-vapaita" kuuluvat valvonnan piiriin. Näytteet otetaan mahdollisuuksien mukaan valmistuksen raaka-aineista, jolloin päästään valvomaan markkinoille tulevia tuotteita niiden tuotantokaaren alkupäässä.
Euroopan rajojen ulkopuolelta tuotavien sekä EU:n jäsenvaltioista Suomeen toimitettavien elintarvikkeiden määräystenmukaisuutta valvoo Tulli. Tulli analysoi muuntogeenistä ainesta vuosittain 150-200 elintarvikenäytteestä. Tullin valvonnasta löytyy lisätietoa täältä.