Puhdistamisen vaiheita ovat seuraavat:
1. Karkean lian poisto mekaanisesti, kaapimalla, huuhtelemalla tai liottamalla
Mekaaninen puhdistus on näkyvän lian poistamista kuivaimin, lakaisimin, harjaamalla tai vesisuihkulla. Tässä vaiheessa käytetään viileää vettä, jottei valkuaispitoinen lika tartu pintoihin. Näkyvän lian poisto pohjustaa pesun ja desinfioinnin onnistumista ja ehkäisee mikrobeille suotuisan ravinnekertymän ja sitä myötä biofilmin muodostumista. Useimmilla mikrobeilla on kyky tarttua eri pintamateriaaleihin. Mikrobit kasvavat ainoastaan pienen nestemäärän ja vähäisten ravinteiden avulla ja muodostavat mikrobikerrostumia, joita sanotaan biofilmeiksi.
2. Peseminen pesuaineen kanssa
Tämä on puhdistamisen tärkein vaihe. Pesuaineesta valmistetaan käyttöliuos ohjeen mukaan ja sitä levitetään puhdistettaville pinnoille liuoksena, vaahtona tai geelinä. Pesuaineliuos irrottaa likaa pinnoilta kemiallisesti, ja tätä on usein tarpeen täydentää mekaanisella puhdistuksella: kaapimalla, harjaamalla tai vesisuihkun voimalla. Huolellisella ja säännöllisellä hankalienkin kulmien ja kolojen puhdistamisella ehkäistään biofilmin kertymistä. Usein peseminen ja desinfektio tapahtuvat yhtä aikaa, koska monet pesuaineet sisältävät sekä pesu- että desinfiointiaineita.
3. Mahdollinen desinfiointi
Desinfioinnilla vähennetään mikrobien määrää turvallisuuden parantamiseksi. Desinfiointi on tarpeen riskiraaka-aineiden käsittelytiloissa. Työpöydät ja -välineet, joilla on käsitelty raakaa lihaa, kalaa tai multaisia kasviksia, desinfioidaan. Pelkkä desinfiointi ei kuitenkaan riitä, vaan pesemisen tulee aina edeltää desinfiointia. Desinfiointiaineita tulee käyttää ohjeiden mukaisina liuoksina ja antaa niille ohjeiden mukainen vaikutusaika, jotta saavutetaan haluttu tulos eikä turhaan rasiteta pintoja.
4. Huuhtelu
Pinnat, välineet ja laitteet tulee tarvittaessa huuhdella talousvedellä desinfioinnin jälkeen pesu- ja desinfiointiainejäämien poistamiseksi. Pesu- ja desinfiointiaineiden käytössä tulee noudattaa valmistajan ohjeita.
5. Kuivaus
Lattiat ja pinnat tulee pesun jälkeen myös kuivata huolellisesti kuivaimilla.