Ruokavirasto ylläpitää kansallista luomuvalvontarekisteriä. Kaikilta Ruokaviraston luomuvalvontarekisteriin kuuluvilta elintarvikealan toimijoilta peritään luomuvalvonnan vuosittainen perusmaksu vuodesta 2022 alkaen. Rekisterissä on tällä hetkellä mukana toimijoita, joilla ei ole lainkaan käynnissä olevaa luomutoimintaa. Näille toimijoille Ruokavirasto ei ole tehnyt luomutarkastusta, eikä heillä ole voimassa olevaa luomutodistusta. Vuoden 2022 alkaen myös nämä toimijat saavat laskun Ruokavirastolta luomuvalvontarekisteriin kuulumisesta. Toimijalta veloitetaan luomuvalvonnan perusmaksu (220 e).
Mikäli luomutoimija haluaa erota Ruokaviraston luomuvalvontarekisteristä, tulee asiasta olla yhteydessä osoitteeseen luomuelintarvike@ruokavirasto.fi. Sähköpostissa tulee kertoa yrityksen nimi ja y-tunnus sekä se, että haluaa erota luomuvalvontarekisteristä.