Pätevyyskokeet ja vertailututkimukset mittaavat laboratorioiden analytiikan laatua. Ruokaviraston tehtäviin kansallisena vertailulaboratoriona kuuluu pätevyyskokeiden ja vertailututkimusten järjestäminen kansallisille hyväksytyille laboratorioille sekä laboratorioiden menestymisen seuraaminen.
Ruokavirasto järjestää tarvittaessa vertailututkimuksia ja tarjoaa vertailumateriaaleja ensisijaisesti sellaisille tutkimusmenetelmille, joille ei ole saatavana kaupallisia vertailunäytteitä.
Ruokavirasto toimii paikallisten laboratorioiden yhteyskanavana vertailututkimuksia koskevissa kysymyksissä pohjoismaisessa elintarvikemikrobiologian pätevyyskokeiden (Ruotsin elintarvikevirasto, SLV) ohjausryhmässä, jossa Ruokavirastolla on edustaja.