I samband med övervakning av villkorligheten övervakas även djurens välbefinnande. Övervakningen av att villkorligheten iakttagits riktas främst till de gårdar som särskilt valts ut för granskning av villkorligheten. Övervakning kan också göras på sådana gårdar där man upptäckt försummelser i samband med annan övervakning, eller om tillsynsmyndigheterna på något annat sätt fått veta om fall där bestämmelserna om djurskydd försummats. Iakttagandet av villkorligheten när det gäller bestämmelserna om djurens välbefinnande övervakas av regionalförvaltningsverkens länsveterinärer.