Om man misstänker att ett brott mot djurtransportförfattningarna skett, har tillsynsmyndigheterna rätt att inspektera djurtransporten. Tillsynsmyndigheter är regionförvaltningsverket inom regionens område, den kommunala veterinären och polisen inom sina verksamhetsområden, besiktningsveterinärerna inom slakteriernas och slaktplatsernas områden och gränsveterinärerna inom gränsövergångsställenas, utreseplatsernas och de veterinära gränskontrollstationernas områden.
Tillsyn över landsvägstransporter av djur utövar för det mesta polisen i samband med normal trafikövervakning. Polisen kan vid behov ta en tjänsteveterinär till hjälp. Polisen har rätt att inspektera en djurtransport även utan misstanke om brott mot lagstiftningen. Samma rätt att inspektera djurtransporter utan misstanke har besiktningsveterinärerna och gränsveterinärerna inom sina egna verksamhetsområden.
Utöver det kan Livsmedelsverket eller regionförvaltningsverket befalla tjänsteveterinärerna att inspektera djurtransporter. På landsvägarna utförs sådana inspektioner av länsveterinärerna i samarbete med polisen och i slakterierna utför besiktningsveterinärerna sådana inspektioner.
I samband med inspektioner av djurtransporter kan också kontrolleras de handlingar som lagstiftningen förutsätter.