Åt produktionsdjur får endast sådana läkemedel användas som har ett så kallat MRL-värde, d.v.s. ett värde för högsta tillåtna resthalt i livsmedel.
Då man medicinerar produktionsdjur ska man alltid beakta karenstiden under vilken djuret inte får slaktas. Inte heller mjölk eller ägg får användas som livsmedel under karenstiden.
Vissa läkemedelssubstanser har särskilt förbjudits hos produktionsdjur. Sådana är bl.a. ämnen som inte har ett fastställt MRL-värde och ämnen som kan användas för att förbättra tillväxten. En del av de godkända substanserna får användas endast för vissa indikationer. Till exempel progesteronspiraler hos kor får användas endast i samband med fertilitetsbehandligar.
Användning av förbjudna läkemedelssubstanser leder direkt till avlivning av de olagligt medicinerade djuren, förstöring av kadavren samt straffrättsliga påföljder.
Användningen av vissa antimikrobiella läkemedel har även begränsats för djur eftersom de sparats för vård av svåra infektioner hos människor.
Produktionsdjurets ägare eller innehavare har en plikt att föra journal över läkemedel givna åt produktionsdjuren.