Enheterna för mikrobiologi och virologi i Livsmedelsverket utför mikrobiologiska undersökningar som hänför sig till livsmedlens säkerhet och svarar för referenslaboratorieuppgifterna inom sitt eget område. Tyngdpunkten läggs på bakterierna som överförs från livsmedlen till människan det vill säga på zoonos- och matförgiftningsbakterierna.
Livsmedelsmikrobiologiska undersökningar utförs i form av forskningsarbete och uppföljningsundersökningsprojekt i samarbete med livsmedelstillsynen, officiella livsmedelslaboratorier och enheten för riskvärdering i Livsmedelsverket. Man deltar också i undersökningar som referenslaboratorieverksamheten förutsätter och undersökningar som hänför sig till det nordiska och internationella metodutvecklingssamarbetet.
Undersökningarna koncentrerar sig på zoonos- och matförgiftningsbakterierna, särskilt på sådana analyser som inte går att få i de lokala livsmedelslaboratorierna, såsom sero- och genotypning av bakteriestammar och enterotoxinundersökningar av bakteriestammar och livsmedelsprover. Fortsatta undersökningar utförs i avsikt att utreda källorna till matförgiftningsepidemier och processkontaminationer på livsmedelsproduktionslinjerna
I enheterna för mikrobiologi och virologi utförs forsknings- och utvecklingsarbete som hänför sig till metoder och substrat. Sektionerna deltar i det internationella (ISO/CEN, International Dairy Federation IDF) och nordiska (Nordisk Metodikkomité for Næringsmidler NMKL) arbetet med att utveckla livsmedelsmikrobiologiska metoder och i utarbetandet av vägledningar som hänför sig till kvalitetssäkringen i laboratorierna.