Resumé:
Helgenomsekvenseringen (WGS) av livsmedelsburna bakterier har blivit ett viktigt strategiskt mål i folkhälsoarbetet världen över, men ibruktagandet av tekniken fördröjs av avsaknaden på gemensamma IT-system och mikrobiologernas bristande kompetens i att ta i bruk ny teknik. I projektet INNUENDO tas fram en mjukvaruplattform och ett kommunikationsprotokoll för WGS-baserad epidemiutredning beaktande särskilt små länders begränsade resurser. I plattformen utnyttjas genomjämförelse som bygger på allelskillnader och som möjliggör en gemensam nomenklatur (wgMLST) och för det ändamålet kalibreras den genetiska skillnaden i projektet för varje enskild bakterie (STEC, kampylobakter, yersinia och salmonella). Utöver genomjämförelsen analyseras flexibelt till exempel virulens- och resistensgener på plattformen. I projektet skapas också ett automatiskt arbetsflöde för kvalitetssäkring av sekvenssamlingen före analyserna och plattformens funktionsduglighet valideras så att man simulerar en nationell och internationell epidemiutredning.
Målsättningar:
Syftet med projektet är att ta fram en gemensam sektorövergripande plattform för att utnyttja resultaten av helgenomsekvenseringarna vid utredning av livsmedelsburna epidemier och i övervakningen av sjukdomsalstrare.
Ämnesord:
helgenomsekvensering, WGS, livsmedelssäkerhet, STEC, kampylobakter, yersinia, salmonella
Ansvarig projektledare:
Mirko Rossi, biträdande professor VMD, Helsingfors universitet
Livmedeslverkets projektansvarig:
Marjaana Hakkinen, sektionchef, FD, enheten för mikrobiologi
Samarbetspartners:
Helsingfors universitet;
Lissabons universitet;
Baskiens universitet;
Wiens veterinärmedicinska universitet;
Institutet för hälsa och välfärd;
Portugals folkhälsoinstitut;
Estlands laboratorium för veterinärmedicin och livsmedelssäkerhet;
Lettlands institut för livsmedelssäkerhet, djurhälsa och miljö
Projektskede:
Pågående
Startår:
2016
Avslutningsår:
2019
I finansieringen av projektet deltar:
European Food Safety Authority (GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2)
Livmedelsverkets projektkod:
4080Y-000042
Webbplats: http://www.innuendoweb.org/