Tillsynen enligt flyghavrelagen genomförs av kommunernas landsbygdsnäringsmyndigheter och NTM-centralernas inspektörer. Livsmedelsverkets uppgift är att ansvara för styrningen av tillsynen.
En flyghavreförekomst anmäls direkt till kommunens landsbygdsnäringsmyndighet eller i samband med ansökan om odlarstöd.
Efter att ha fått en anmälan ska myndigheten förrätta syn på skiftet eller området. Vid en lindring förorening ges en bekämpningsanvisning, enligt vilken risken för spridning av flyghavre kan hållas i schack. Om skiftet eller området är svårt förorenat av flyghavre och situationen kräver omedelbara bekämpningsåtgärder för att förhindra spridning, kan landsbygdsnäringsmyndigheten ge en tillfällig bekämpningsplan för området. För svårt förorenade områden utarbetas i fortsättningen en flerårig bekämpningsplan (rekommendationen är 5 växtperioder), om vilken landsbygdsnäringsmyndigheten kan fatta ett beslut som förpliktar odlaren. Vid behov kan de bekämpningsåtgärder som föreskrivits i bekämpningsplanen förenas med vite eller hot om tvångsutförande.
NTM-centralerna övervakar flyghavren i huvudsak i samband med den övriga övervakningen av åkerstöden.
Om lägenhetens skiften ligger inom flera samarbetsområden för den kommunala landsbygdsförvaltningen kan landsbygdsnäringsmyndigheten överlåta utarbetandet av bekämpningsplanen till NTM-centralerna. Beslutet om bekämpningsplanen fattas dock alltid av kommunens landsbygdsnäringsmyndighet.
Förordningarna innehåller bestämmelser om
anmälningsplikt
förrättande av syn
uppgörande av bekämpningsanvisning och -plan
flyghavrefrihetsgranskning
upprätthållande av flyghavreregister
uppgörande av tillsynsplan