Elintarvikeketjun viranomaisvalvonta on suurimmalta osin maksullista. Maksuilla katetaan virallisesta valvonnasta ja muista virallisista toimista aiheutuvia kustannuksia. Valtion viranomaisten (Ruokavirasto, Tulli, AVIt, ELYt, Tukes, Valvira) valvonnasta peritään valtion maksuperustelain (150/1992) mukaiset maksut. Puolustusvoimien ympäristöterveyden viranomaisvalvonnasta ei toistaiseksi peritä maksua. Suomen kuntaliitto on ohjeistanut kuntia taksojen laatimisessa sekä taksojen ja suunnitelmien hyväksymismenettelyssä. Toimivaltaisten valvontaviranomaisten taksat ja niiden määräytymisperusteet on esitetty seuraavassa taulukossa. Viranomaisvalvonnasta aiheutuneet kustannukset on esitetty kunkin viranomaisen tilinpäätöksissä, jotka ovat löydettävissä julkisesti näiden omilta internetsivuilta.
Kasvintuotannon edellytykset ja kasvinterveys
Kasvintuotannon edellytysten ja kasvinterveyden osalta tuotannon ja toiminnan tarkastaminen on pääosin maksullista. Markkinavalvonta ja karanteenikasvintuhoojien kartoitukset ovat kuitenkin maksuttomia.
Eläinten terveys ja hyvinvointi
Eläinten terveyden ja hyvinvoinnin valvonta on pääsääntöisesti maksutonta. Yritykseltä peritään kuitenkin maksu esimerkiksi sisämarkkinatuojaksi tai viejäksi rekisteröidyttäessä. Lisäksi eläimen tai tavaran omistajan tai haltijan on maksettava kunnaneläinlääkärin maksullisista suoritteista annetun asetuksen 1221/2022 mukaisesti tarkastuksesta tai toimenpiteestä valtiolle, kun tarkastus tai toimenpide aiheutuu eläimen tai tavaran tuonnista, viennistä, kuljetuksesta tai eläinten vapaaehtoisista ja eräissä tapauksissa myös pakollisista terveysvalvontaohjelmista. Lisäksi eräät eläinten kuljetuskuntoisuuden tarkastukset ja rokotteiden erävapautukseen liittyvä sertifiointi ovat maksullisia.
Eläinten merkitsemisen ja rekisteröinnin valvonta on toimijoille pääosin maksutonta. Valvonnassa todettujen laiminlyöntien korjaamisen varmistamiseksi suoritettava uusintatarkastus on maksullinen. Maksutaksoista on säädetty ELY-keskusten ja Aluehallintovirastojen (AVI) maksullisista suoritteista annetuissa Valtioneuvoston asetuksissa; kts. sivun alaosassa oleva taulukko.
Eläinten terveyden ja hyvinvoinnin valvonnan maksullisuutta on kuvattu tarkemmin Eläinlääkintähuollon valtakunnallisessa ohjelmassa EHOssa.
Elintarvikkeet, rehut ja luonnonmukainen tuotanto
Elintarvikevalvonta on toimijalle maksullista. Kunnan valvonnasta perittävistä maksuista on säädetty elintarvikelaissa (297/2021) siten, että riskiperusteisesti laaditun valvontasuunnitelman mukaisista tarkastuksista, näytteenotosta ja tutkimuksista on perittävä kunnan hyväksymän taksan mukainen maksu. Lisäksi toimijoilta peritään vuosittain elintarvikelain 72 §:n mukainen valvonnan perusmaksu ja maksu elintarvikehuoneiston ilmoituksen käsittelystä ja elintarvikehuoneiston hyväksymisestä sekä muista elintarvikelain 73 §:n mukaisista suoritteista.
Rehuvalvonta on rehualan toimijoille pääosin maksullista alkutuotannon toimijoiden valvontaa ja markkinavalvontaa lukuun ottamatta.
Rehuvalvonnan maksut perustuvat rehulakiin ja MMM:n asetukseen Ruokaviraston maksullisista suoritteista. Luonnonmukaisen tuotannon valvonta on toimijalle maksullista.