Joukkolopetuksella tarkoitetaan tuotantoeläinten lopetusta kansanterveyteen, eläinten terveyteen, eläinten hyvinvointiin tai ympäristöön liittyvistä syistä toimivaltaisen viranomaisen valvonnassa. Joukkolopetuksen toimivaltaisista viranomaisista on säädetty eläinsuojelulaissa.
Joukkolopetuksesta vastaavan aluehallintoviraston, kunnaneläinlääkärin, tarkastuseläinlääkärin tai rajaeläinlääkärin on ennen toimenpiteen käynnistämistä laadittava toimintasuunnitelma, jonka avulla varmistetaan lopetusasetuksessa säädettyjen sääntöjen noudattaminen. Suunnitellut tainnutus- ja lopetusmenetelmät ja niitä vastaava toimintaohjeisto, jonka avulla varmistetaan lopetusasetuksessa säädettyjen sääntöjen noudattaminen, on erityisesti sisällytettävä eläinten terveyttä koskevan yhteisön oikeuden edellyttämiin valmiussuunnitelmiin näissä suunnitelmissa vahvistettujen, epäiltyjen taudinpurkausten kokoa ja sijaintia koskevien olettamusten perusteella.
Joukkolopetuksesta vastaavan aluehallintoviraston, kunnaneläinlääkärin, tarkastuseläinlääkärin tai rajaeläinlääkärin on
- varmistettava, että toimenpiteet suoritetaan edellä tarkoitetun toimintasuunnitelman mukaisesti
- suoritettava tarpeelliset toimet eläinten hyvinvoinnin turvaamiseksi parhaalla mahdollisella tavalla.
Joukkolopetustapauksissa ja poikkeuksellisissa olosuhteissa Ruokavirasto tai aluehallintovirasto voivat myöntää poikkeuksia yhdestä tai useammasta lopetusasetuksen säännöksestä, jos ne katsovat, että säännösten noudattaminen todennäköisesti vaikuttaisi ihmisen terveyteen tai hidastaisi merkittävästi taudin hävittämistä.
Komitologiamenettelyä noudattaen voidaan hyväksyä yhteisön ohjeita joukkolopetuksen suunnittelua ja toteutusta varten.