Muuntogeenisten elintarvikkeiden (gm) valvonta on osa tavanomaista elintarvikevalvontaa, joka perustuu elinkeinonharjoittajan omavalvontaan ja sen tarkastuksiin. Elinkeinonharjoittaja, esimerkiksi maahantuoja tai valmistaja, vastaa tuotteidensa määräystenmukaisuudesta, myös muuntogeenisyyden osalta. Valmistajalla tulee olla tieto siitä, ovatko käytetyt raaka-aineet muuntogeenisiä vai ei. Mikäli tuotteen valmistukseen käytetään muuntogeenistä ainesta, on siitä mainittava pakkausmerkinnöissä.
Kuntien elintarvikevalvontaviranomaiset valvovat Ruokaviraston ohjeiden mukaan omavalvonnan toteutumista OIVA-järjestelmän mukaisesti. Elintarvikevalvontaviranomaiset voivat pistokokein tarkistaa pakkausmerkintöjen paikkansapitävyyttä ja tarvittaessa selvittää analyysien avulla, sisältääkö tuote muuntogeenistä ainesta vai ei. Lisäksi kotimaisen elintarvikevalmistuksen viranomaisvalvonnassa otetaan vuosittain riskiperusteisesti noin 10 elintarvikenäytettä Ruokaviraston valvonta- ja näytteenotto-ohjeiden mukaan.
Koska Suomessa ei viljellä muuntogeenisiä kasveja elintarvikekäyttöön, muuntogeeniset elintarvikkeet ovat aina tuontituotteita. Euroopan rajojen ulkopuolelta tuotavien sekä EU:n jäsenvaltioista Suomeen toimitettavien elintarvikkeiden määräystenmukaisuutta valvoo Tulli. Tulli analysoi muuntogeenistä ainesta vuosittain 150-200 elintarvikenäytteestä. Tullin valvonnasta löytyy lisätietoa täältä.