Vuosittain järjestettävän EURL-Salmonella workshopin esitykset ovat EU:n vertailulaboratorion nettisivuille. Osallistujia kokouksessa oli yhteensä 75.
Kirsten Mooijman kertoi EURL_salmonella siirtyvän uuteen rakennukseen Utrechtiin 2022 vuoden lopulla tai 2023 vuoden alussa (voi vaikuttaa esim. vertailututkimusten aikatauluihin) ja kävi läpi esityksessään ISO / CEN toimintaan liittyviä ajankohtaisia asioita:
- ISOn ja CENin standardiehdotuksen monofaasisen S. Typhimurium – kantojen tunnistamiseksi lopullista versiota valmistellaan, samoin laboratorioiden välistä vertailututkimusta menetelmälle.
- ISO 16140-3: “Protocol for verification of reference and validated alternative methods implemented in single laboratory” julkaistu tammikuussa 2021
- EN ISO 23418 “Microbiology of the Food Chain — Whole genome sequencing for typing and genomic characterization of foodborne bacteria — General requirements and guidance” päivitetään ehdotusta syksyn 2020 äänestyksen ja kommenttien pohjalta
- Pasteur Instituutin ylläpitämään serotyyppiluetteloon odotetaan paria päivitysosaa vuoden 2021 loppuun mennessä, EURL-Salmonella informoi asiasta.
Syksyn 2020 vertailututkimukseen salmonellan osoittamisesta sivelynäytteistä osallistui yhteensä 67 laboratoriota ja kaikki menestyivät hyvin. Tutkimuksessa jäi kaiken kaikkiaan toteamatta vain neljä alemman tason positiivista näytettä ja yksi korkeamman tason positiivinen näyte. ISO 6579-1: 2017 – menetelmän lisäksi 20 laboratoriota käytti PCR menetelmää: 19 laboratoriota sai vastaavat tulokset kuin ISO 6579-1: 2017 -menetelmällä (menetelmiä ei esityksessä kuvattu) ja yhdellä laboratoriolla jäi yksi alemman tason positiivinen toteamatta.
Salmonellan osoittamisesta nestemäisistä kanamunista vertailututkimukseen osallistui 33 ja kaikki menestyivät hyvin. ISO -menetelmän lisäksi viisi laboratoriota käytti qPCR-, viisi PCR-Salmonella- ja yksi mini VIDAS -menetelmää ja saivat vastaavat tulokset kuin ISO -menetelmällä.
Syksyn 2020 serotyypitysvertailututkimukseen osallistui 37 laboratoriota, joista kaikki menestyivät hyvin. Tutkimukseen valitaan vuosittain 20 kantaa, joiden joukossa ovat ainakin viisi tärkeintä serotyyppiä EU:n alueella sekä kantoja, jotka voidaan sotkea edellisiin tai muuten aiheuttavat vaikeuksia tyypityksessä. Tutkimuksissa O-antigeenit olivat 99 % oikein, H-antigeenit 98 % ja serovarien nimet 97 % oikein.
Syksyllä 2020 toteutettiin myös vapaaehtoinen klusterianalyysitutkimus PFGE ja / tai MLVA ja / tai WGS:llä. WGS:llä osallistui 21 laboratoriota ja 23 tutkimusta vastattiin. Menestymiskriteereitä ei oltu asetettu, koska klusterin määrittäminen vaihtelee mm. tutkimuksen tarkoituksen mukaan. WGS:llä EURL-salmonella itse piti tässä tutkimuksessa rajana 6 alleelin eroa. ”Odotettuihin” tuloksiin verraten 22 / 23 tutkimusta sai odotetun tuloksen. Paljon uutta kiinnostavaa tietoa saatiin vertailututkimuksen myötä menetelmän kehittämiseen. Syksyllä 2021 järjestetään uusi tutkimus.
Van den Beld esitteli RIVM:n (EURL-Salmonella) tammikuun alussa käyttöön ottaman WGS:ään (SeqSero 2) perustuvan serotyypitysmenetelmän ja sen validointiprosessin, myös perinteinen agglutinaatiomenetelmä on vielä käytettävissä. Alalajien erotteluun ja salmonellaksi varmistukseen käytössä biokemiallisia testejä ja MALDI-TOF.
Boelart kertoi EU:n salmonellatilanteesta vuoden 2019 zoonoosiraportin pohjalta. Varmistettuja salmonellatartuntoja ihmisillä oli noin 88 000, kampylobakteeritartuntoja noin 220 000. Listeriatartuntoja todettiin noin 2600 ja ne aiheuttivat eniten kuolemia. Salmonellatartuntojen määrä on pysynyt aika samalla tasolla 2015-2019 ja eniten tartuntoja todettiin kesäkuukausina. Suomi oli ainoa maa, joka on raportoinut merkitsevää vähentymistä vuosina 2015-2019. Salmonella aiheutti noin yhden kuudesosan raportoiduista ruokamyrkytysepidemioista EU:ssa. S. Enteritidis oli yleisin serotyyppi ja kananmunat ja niistä tehdyt tuotteet, leipomotuotteet, sekä sianliha ja siitä tehdyt tuotteet olivat yleisimmät välittäjät. Siipikarjan salmonellan vähentämistavoitteensa saavutti 18 / 26 EU-maata, vuonna 2018 14. Broilereiden, kanojen ja kalkkunoiden siitosparvissa salmonellaprevalenssi on laskenut merkittävästi viimeisen 4-6 vuoden aikana, mutta kaikki kategoriat huomioon ottaen salmonellataso on pysynyt aika tasaisena siipikarjassa. Elinkeinon itse ottamissa näytteissä raportoitiin merkitsevästi vähemmän salmonellaa kuin viranomaisten ottamissa näytteissä sekä sikojen ruhon pintasivelynäytteissä että broilereiden ja kalkkunoiden kasvatusparvissa.
Mirko Rossi EFSAsta esitteli ”One Healt” systeemin kehitystyötä WGS tiedon keräämiseksi elintarvike/eläin eristyksistä (esitys löytyy EURL-Salmonellan nettisivuilta).
Cerny Tsekistä, Byrne Pohjois-Irlannista ja Micunovic Sloveniasta kertoivat kukin siitä, kuinka heidän laboratorionsa täyttävät NRL – laboratorion vaatimukset ja alla joitakin poimintoja:
Tsekissä näytteiden keräilyyn on käytössä 10 reittiä, noin 3000 – 4000 km päivittäin. WGS otettu käyttöön 2020, 2021 tehty 230 kannalle, tavoite kasvattaa kapasiteetti noin 1000 kannalle vuosittain.
Pohjois-Irlannin laboratoriolla on akkreditointi myös MALDI-TOFille ja WGS:lle salmonellan osalta sekä monofaasisen S. Typhimuriumin PCR:lle. ISO standardimenetelmän lisäksi salmonellan osoittamiselle käytössä VIDAS menetelmä ja suunnitteilla ELISA menetelmän validointi sikojen näytteille.
Sloveniassakin WGS otettu käyttöön, mutta lähinnä vain tutkimusprojekteissa. Monofaasisen S. Typhimuriumin PCR käytössä, RT-PCR S. Infantis – kannoille (kantojen 6,7:-:1,5 ja 6,7:r:- varmistukseen).
Vuoden 2022 workshop pidetään todennäköisesti Alankomaissa, jos tilanne sallii matkustamisen.
Lisätietoja: erikoistutkija Henry Kuronen, henry.kuronen@ruokavirasto.fi