Vuosittain järjestettävän EURL-Salmonella workshopin esitykset ovat EU:n vertailulaboratorion verkkosivuilla. Osallistujia kokouksessa oli yhteensä noin 100.
Frank Boelart kertoi EU:n salmonellatilanteesta vuoden 2021 zoonoosiraportin pohjalta. Haasteita raportin teossa ja analysoinnissa aiheuttivat edelleen COVID-19 epidemia ja UK:n ero EU:sta, vuodesta 2020 poiketen myös Pohjois-Irlannista saatiin nyt tiedot. EFSAn sivuilla on käytettävissä interaktiiviset kommunikaatiovälineet Dashboard ja STORY MAP seuraaville: Foodborne outbreaks Salmonella, Listeria monocytogenes, Campylobacter, esim. Salmonella dashboard ja Salmonella story map (arcgis.com). Näiden avulla pystyi hyvin yksityiskohtaisesti lajittelemaan esimerkiksi maa- ja materiaalikohtaisia tietoja. Varmistettuja salmonellatartuntoja ihmisillä oli noin 60 000 (kampylobakteeritartuntoja noin 128 000) eli nousua edelliseen vuoteen oli jonkin verran, mutta edelleenkin alle COVID-19 epidemiaa edeltävää aikaa.
Raportoituja salmonellan aiheuttamiksi ruokamyrkytysepidemioiksi luokiteltuja tapauksia oli 773, joka oli vajaa 20 % kaikista raportoiduista ruokamyrkytyksistä ja S. Enteritidis oli yleisin serotyyppi. Kalkkunoiden siitosparvissa arvioitu salmonellaprevalenssi oli 2021 merkitsevästi kohonnut verrattuna vuoden 2016 tasoon, mutta kaikki kategoriat huomioon ottaen salmonellataso kohdeserotyyppien osalta on pysynyt aika tasaisena siipikarjassa. Elinkeinon itse ottamissa näytteissä raportoitiin merkitsevästi vähemmän salmonellaa kuin viranomaisten ottamissa näytteissä broilereiden ja kalkkunoiden kasvatusparvissa. Teurastamoiden virallisissa näytteissä eniten todettiin positiivisia näytteitä broilereiden (14 %) ja kalkkunoiden (7,4 %) niskanahkanäytteissä, kun taas esim. sikojen ruhojen pintasivelyissä todettiin 1,7 % positiivisia. Cronobacter sakazakii:n ja non-toksisen Vibrio cholerae:n aiheuttamia ruokamyrkytysepidemioita raportoitiin ensimmäisen kerran vuonna 2021. Esityksessä käytiin läpi myös monikansallisia S. Mbandaka (tn. siipikarjan liha) ja S. Virchow (tn. kontaminoitunut siipikarjanliha kebabissa) – epidemioita.
Robin Diddens kävi läpi valmisteilla olevan ISO/TS 6579-4 – menetelmän (monofaasisen S. Typhimurium tunnistaminen) laboratorioiden välisen vertailututkimuksen tuloksia. Tavoitteena on julkaista menetelmä 2024.
Syksyn 2022 vertailututkimukseen salmonellan osoittamisesta hygieniasieninäytteistä osallistui yhteensä 34 alkutuontapuolen ja 34 elintarvikepuolen laboratoriota. Kontrollinäytteet kaikki saivat oikein, mutta 25 laboratoriota sai 1-2 negatiivista näytettä positiiviseksi. Niinpä pääteltiin, ettei kyseessä voinut olla yksittäisissä laboratorioissa tapahtunut ristikontaminaatio. EURL-Salmonellan tekemien laajojen selvitysten ja kokogenomisekvensointitutkimusten perusteella oli päädytty siihen, että todennäköisin selitys oli käytetyn taustaflooran (Enterobacter cloacae) kontaminoituminen käytetyllä S. Enteritidis kannalla näytteiden valmistusvaiheessa. Syksyllä 2023 järjestetään alkutuotannon vertailututkimus siipikarjan ulosteella.
Syksyn 2022 serotyypitysvertailututkimukseen osallistui 34 laboratoriota, joista kaikki menestyivät hyvin (kaksi vasta seurantatutkimuksen jälkeen). Tutkimukseen valitaan vuosittain 20 kantaa, joiden joukossa ovat ainakin viisi tärkeintä serotyyppiä EU:n alueella sekä kantoja, jotka voidaan sotkea edellisiin tai muuten aiheuttavat vaikeuksia tyypityksessä. Tutkimuksissa O-antigeenit olivat 100 % oikein, H-antigeenit 98 % ja serovarien nimet 98 % oikein.
Syksyllä 2022 toteutettiin myös vapaaehtoinen klusterianalyysitutkimus MLVA ja / tai WGS:llä. WGS:llä osallistui 20 laboratoriota ja 26 tutkimusta vastattiin. WGS:llä EURL-salmonella itse piti tässä tutkimuksessa klusterin rajana 6 alleelin eroa referenssikantaan. Näytteinä oli 6 ns. ”märkäkantaa”, jotka tutkittiin kannan viljelystä lähtien ja 6 ns. ”kuivakantaa” eli EURL-Salmonellalta saatiin 6 kannan sekvenssit analysointia varten. ”Odotettuihin” tuloksiin verraten 19 / 26 tutkimusta sai odotetun tuloksen, tekniset duplikaatit todettiin yhden laboratorion toisia duplikaatteja lukuun ottamatta oikein. Mukana oli myös yksi kontaminoitunut ”kuivakanta”, joka piti pystyä hylkäämään klusterianalyysistä laatukriteereiden pohjalta. Syksyllä 2023 järjestetään uusi tutkimus: 5-6 ns. ”märkäkantaa” ja 5-6 kantaa ns. ”kuivakantaa” analyysiin eli osasta bakteerikanta ja osasta sekvenssit analyysiin.
Keväällä 2023 toteutettiin vertailututkimus salmonellan osoittamisesta rehunäytteistä (pellavansiemen) ja siihen osallistui 51 laboratoriota. Alustavien tuloksien mukaan 50 laboratoriota menestyi hyvin ja yksi kohtalaisesti (mutta hyväksytysti) tehtyään kirjausvirheen negatiivisen näytteen raportoinnissa. 15 laboratoriota tutki näytteet rinnakkain Real-Time PCR:llä, kolme VIDASilla ja yksi PCR:llä ja kaikkien tulokset vastasivat pakollisen referenssimenetelmän ISO 6579-1:2017 / Amd. 1:2020 tuloksia.
Marina Lambarter esitteli Salmonella cgMLST – menetelmän validoinnin akkreditointia varten Saksan kansallisessa vertailulaboratoriossa. Menetelmä oli otettu käyttöön 2018 ja tähän mennessä sekvensoitu yli 7000 kantaa. He validoivat In-house pipelinen (OUREMA), joka käyttää analysointiin ChewieSnake -ohjelmaa Enterobase ja EFSAn skeemalla sekä rinnalle RIDOM SeqSpehere+ - ohjelman Enterobase skeemalla. Validointiin käytettiin EURL-Salmonellan klusterianalyysin 2020 kantoja sekä kansainvälisen ruokamyrkytysepidemian kantoja.
Kirsten Mooijman kertoi EURL_salmonellan muuton uuteen rakennukseen Utrechtissa siirtyneen jälleen paljon eli uusi rakennus ei ole valmis ennen vuotta 2025. Hän kävi läpi esityksessään ISO / CEN toimintaan liittyviä ajankohtaisia asioita, joista alla esimerkkejä:
- ISOn ja CENin standardiehdotuksen ISO/TS 6579-4 monofaasisen S. Typhimurium – kantojen tunnistamiseksi lopullista versiota valmistellaan laboratorioiden välisen vertailututkimuksen ja saatujen kommenttien pohjalta ja tarkoitus julkaista 2024.
- EN ISO 6579-1:2017 (Salmonellan osoittaminen) 5 vuoden välein tehtävän läpikäynnin vuoksi menetelmään pyydetty kommentteja vuoden 2022 aikana. Tavoitteena on myös testata ja täydentää menetelmällä testattuja materiaaleja (esim. 2 uutta elintarvikemateriaalia, rehuja, ympäristönäytteitä) ja testata suurempaa näytemäärää kuin 25 grammaa. Lisätutkimusten ja kommenttien pohjalta on käynnissä menetelmän päivitys.
- ISO 16140-3: “‘Verification of reference and validated alternative methods implemented in a single laboratory” täytyy validoida 2027 vuoden loppuun mennessä.
- ISO 16140-7: “Protocol for the validation of identification methods of microorganisms’” standardista äänestyksiä vuoden 2023 aikana.
- ISO 11133 “Microbiology of food, animal feed and water — Preparation, production, storage and performance testing of culture media” päivitys aloitettu keväällä 2023.
Luxemburgin, Liettuan, Saksan sekä Bosnia-Herzegovinan edustajat kertoivat kukin siitä, kuinka heidän laboratorionsa täyttävät NRL – laboratorion vaatimukset. Luxemburgin edustaja kertoi mm. harvinaisesta multiresistenssistä S. Typhimurium – epidemiakannasta, jolla oli lisäksi alentunut herkkyys kvaternäärisille ammoniakeille ja viidelle raskasmetallille. Liettuan edustaja kertoi mm. heidän elävien S. Enteritidis -rokotekantojen erottamisesta tartuntakannoista. Saksan edustaja kertoi mm. heidän laboratorionsa roolista WOAH:n (World Organisation for Animal Health) vertailulaboratoriona salmonellalle.
Vuoden 2024 workshop pidetään toivon mukaan fyysisenä paikan päällä toukokuun lopulla Alankomaissa.
Henry Kuronen, henry.kuronen@ruokavirasto.fi
Satu Hakola, satu.hakola@ruokavirasto.fi
Tiina Autio, tiina.autio@ruokavirasto.fi