Lannoitevalmisteiden valmistusta, markkinoille saattamista ja maahantuontia valvoo Ruokaviraston kasvien tuonti- ja lannoitejaosto. Ruokavirasto käyttää valvonnassa apunaan Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten tarkastajia sekä valtuutettuja tarkastajia. Maahantuontia ja vientiä valvoo Ruokaviraston lisäksi Tulli.
Valvontaa tehdään vuosittain laadittavan valvontasuunnitelman mukaisesti laatujärjestelmän mukaisen omavalvonnan, valmistuksen ja maahantuonnin valvontana. Lisäksi otetaan markkinavalvontanäytteitä muun muassa vähittäiskaupoista ja tukkuliikkeistä sekä tehdään käytön valvontaa maatiloilla ja puutarhoissa.
Valvonnan tarkoituksena on varmistaa markkinoille saatettavien lannoitevalmisteiden vaatimustenmukaisuus ja turvallisuus siten, ettei lannoitevalmisteiden käytöllä lisätä viljelysmaan tai muun ympäristön raskasmetallikertymää eikä aiheuteta ihmisille, eläimille tai kasveille terveydellistä haittaa. Ruokavirasto voi kieltää lannoitevalmisteen tai sen raaka-aineen markkinoille saattamisen tai tuonnin, jos se havaitsee, ettei lannoitevalmiste täytä säädettyjä vaatimuksia. Kielletyt tuotteet voidaan määrätä uudelleen käsiteltäväksi, hävitettäväksi tai palautettavaksi lähettäjämaahan toimijan kustannuksella.
Lannoitevalmisteiden valmistuksen, markkinoinnin ja maahantuonnin sekä niiden valvonnan yleinen ohjaus kuuluu maa- ja metsätalousministeriölle (MMM).