Kompetensprövningar och jämförelsemätningar testar kvaliteten i analytiken hos laboratorier. I egenskap av nationellt referenslaboratorium har Livsmedelsverket uppgiften att ordna jämförelsemätningar för nationella, officiella laboratorier, samt kontrollera framgång hos dessa.
Livsmedelsverket arrangerar vid behov jämförelsemätningar och erbjuder referensmaterial för främst de undersökningsmetoder där kommersiella referensprover inte finns tillgängliga.
I nordiska styrgruppen för mikrobiologiska kompetensprövningar av livsmedel (svenska Livsmedelsverket, SLV), där Livsmedelsverket är representerad, är Livsmedelsverket kontaktlänken för lokala laboratorier i frågor kring kompetensprövningar.