Då man vill använda en ny tillsats, arom eller enzym vid framställning av livsmedel, skall lämnas en ansökan till kommissionen, som ber Europeiska myndigheten för livsmedelssäkerhet EFSA om ett yttrande. Efter att ha mottagit detta yttrande kommer kommissionen antingen med ett förslag om att ämnet upptas i förteckningen över godkända ämnen eller också avslutar den handläggningen av saken, om det inte finns några grunder för godkännande av ämnet. Vid handläggning av ansökan beaktas utöver den vetenskapliga riskvärderingen också synpunkter som hänför sig till samhället, ekonomin, traditionerna, etiken och miljön.
Samma godkännandeförfarande tillämpas också i sådana fall, då man vill bredda eller begränsa användningen av en redan godkänd tillsats, arom eller enzym.
De olika stadierna i godkännandeförfarandet regleras av en förordning från Europaparlamentet och rådet.