Med de kvalitetskrav som ställts på gödselprodukter vill man säkerställa att användningen av gödselprodukterna inte har skadliga verkningar för människors eller djurs hälsa, växters sundhet, säkerheten eller miljön. För varje produktfunktionskategori finns bestämmelser om de högsta tillåtna koncentrationerna av skadliga ämnen och om hygienkrav. Gränsvärden för koncentrationerna av skadliga metaller anges för oorganiska och organiska gödselmedel, kalkningsmedel, jordförbättringsmedel, odlingssubstrat och växtbiostimulanter. Utöver på gödselprodukter som innehåller organiskt material ställs mikrobiologiska kvalitetskrav också på oorganiska gödselprodukter.
Gränsvärden för halterna av skadliga metaller anges för kadmium, krom, arsenik, kvicksilver, nickel, bly, koppar och zink. Gränsvärdet för halten av krom gäller sexvärt krom (Cr VI) och arsenikhalten i organiska gödselmedel oorganisk arsenik. Det undantag vad gäller begränsningen av kadmiumhalten i fosforgödselmedel på grundval av skyddet för människors hälsa och miljön, som Finland beviljas i enlighet med EUF-fördraget, kvarstår. Kadmiumhalten i fosforgödselmedel får vara högst 23 mg Cd/kg P2O5 (50 mg per kilogram fosfor), när gränsvärdet normalt är 60 mg Cd/kg P2O5
De högsta tillåtna koncentrationerna av organiska skadliga ämnen har fastställts för PAH16- och dioxinföreningar. Gränsvärdena för PAH16 -föreningar gäller komponentmaterialkategorierna 3 kompost, 4 och 5 rötrester, 12 struvit, 13 aska och 14 biokol. Gränsvärdena för dioxinföreningar gäller också aska och biokol.